Работа фонда целевого капитала Бориса Эйфмана организована в соответствии с уставом и строится на трех институциях (схема 1).  Правление фонда является высшим органом управления, Попечительский совет осуществляет надзор за деятельностью фонда, работники фонда во главе с директором являются главным исполнительным органом и напрямую подчиняются Правлению фонда.